国立長野高専には機械工学科、電気電子工学科、電子制御工学科、電子情報工学科、環境都市工学科の5つの専門学科が設置されています。
1年生と2年生では混合学級制を採用しています。所属する学科の枠を超えたクラス編成がされており、人文科学・自然科学などの教養科目を共通に履修すること になっており、これらの科目を担当するのが一般科です。3年生からは、専門学科に分かれて専門教育を重点的に受ける体制になっています。
5つの専門学科を母体に2年制の専攻科が設置されており、各学科で学んだことを生かし、より高度な専門教育を受けることが可能です。